A alergia surge basicamente devido a dois fatores: predisposição genética (do pai ou da mãe) e introdução de alimentos potencialmente alergênicos antes dos seis meses de vida.

Quando nascem, os bebês têm um sistema imunológico imaturo e dependem muito dos anticorpos do leite da mãe. O sistema digestivo não está preparado para substâncias que não venham do leite da mãe. O fator principal que causa a alergia é a introdução precoce na alimentação de substâncias que causam alergias.

O risco é maior na infância, antes que os processos de adaptação e maturação aperfeiçoem as barreiras da parede intestinal. A incidência é maior em crianças que consumiram leite (que não o humano) muito cedo, talvez antes de três a quatro meses de vida, e aqueles que têm história de alergias na família. Menos exposição aos alimentos potencialmente alergênicos reduz as chances de alergias.

As reações alérgicas ocorrem menos quando o leite de vaca é introduzido na alimentação após os seis meses de vida. A alergia está relacionada com a permeabilidade do intestino delgado a proteínas (ou peptídeos alergênicos) durante os primeiros meses de vida. Pequenas quantidades de proteínas dos alimentos podem ainda ser absorvidas através do intestino, durante a infância, e provocar alergias.