A intolerância à lactose pode ser diagnosticada por diversos testes, incluindo:

1. O teste de tolerância, que consiste em fornecer lactose pura ao paciente e a concentração de glicose no sangue é monitorada por duas horas. Se a pessoa for tolerante à lactose a concentração de glicose no sangue aumenta, e se for intolerante ela aumenta muito pouco ou não aumenta. Este teste não é usado em crianças muito novas pois a grande carga de lactose pode causar diarréia e desidratação, acarretando problemas sérios.

2. A monitoração da quantidade de hidrogênio nos gases exalados pela respiração, após a ingestão da lactose. O hidrogênio é produzido pela fermentação da lactose pelas bactérias quando ela chega ao intestino grosso, onde não deveria chegar. O hidrogênio é absorvido pelo intestino, transportado pela corrente sangüínea até os pulmões e, então, exalado pelo ar que sai. Se o paciente consumir leite, por exemplo, e se a concentração de hidrogênio do ar exalado aumentar, isto indica que a lactose não foi propriamente digerida. Este teste não é usado em crianças muito novas pois a grande carga de lactose pode causar diarréia e desidratação. Alguns medicamentos e alimentos, além de cigarro, podem interferir neste teste.

3. O teste da acidez das fezes é realizado para se determinar se a lactose chegou no intestino grosso, o que produz ácido lático e outros ácidos que acidificam as fezes. Este teste é útil em crianças muito novas e pode fornecer alguma idéia se a criança é intolerante à lactose.