Existem dois tipos básicos de intolerância à lactose: a genética e a adquirida. A intolerância genética é maior em determinadas raças de seres humanos. Assim, são intolerantes genéticos à lactose cerca de 90% dos asiáticos (chineses, japoneses, filipinos, coreanos etc.), 75% dos negros, árabes, judeus, gregos cipriotas, esquimós, índios e cerca de 15 % dos europeus. A intolerância genética, entretanto, só aparece após alguns anos de vida, dois a três anos por exemplo, apesar de haver raras exceções. Crianças de qualquer raça com menos de um ano, normalmente, são tolerantes à lactose. A intolerância aparece depois.

A intolerância adquirida ocorre quando houver fatores que possam causar doenças digestivas que promovem inchaço das vilosidades do intestino, que escondem a lactase e não deixam que ela exerça a sua função de hidrolisar a lactose. Neste caso, os mesmos sintomas de diarréia abundante e gasosa também ocorrerão. O inchaço das vilosidades pode ocorrer devido, por exemplo, à ingestão de alimentos contaminados (intoxicação, por exemplo), diarréia infecciosa, doença célica e parasitas, que poderão causar irritação do intestino. As crianças, cujos intestinos são ainda delicados, são especialmente vulneráveis à intolerância adquirida.

Entretanto, quando o problema inicial for resolvido (irritação das vilosidades), a pessoa deixa de ser intolerante à lactose, pois a enzima poderá continuar a exercer normalmente a sua função. Nos casos de intolerância adquirida, o leite e outros alimentos que tenham lactose devem ser removidos da alimentação até a normalização do intestino. Afortunadamente, todos os bebes voltam a ser tolerantes à lactose após a cura do problema original.

A intolerância adquirida à lactose é, portanto, reversível, enquanto que a intolerância genética é irreversível.

Um outro tipo de intolerância é aquele decorrente de cirurgias, quando, por exemplo, uma parte do intestino é removida. Neste caso, a quantidade de lactase no intestino pode se tornar insuficiente para hidrolisar a lactose, mesmo se, anteriormente à operação, a pessoa era tolerante à lactose.